為培養出符合國家特色及國際潮流的專業運動健康科學研究人才，本系碩士班以豐富並紮實的運動健康科學理論為基礎，並加入實務的模式，發展出理論與實務兼備的課程特色。

本系碩士班的教師橫跨運動生理、運動心理、運動傷害防護、運動營養及運動健康促進等多項領域，同時具備有優秀的學科教學能力，論文發表能力及術科實務經驗，是一群多元化、國際化且理論與實務兼備的優秀教師。

搭配運科中心可使用運動生化實驗室、運動生理實驗室、運動機能重建實驗室、運動生物力學實驗室及一間運動心理諮商研究室，具備有完善的運動科學研究設備及儀器，能從事各項的運動科學教學及研究。

本系研究所積極從事運動科學的相關研究，並每年輔導學生至國外，包含葡萄牙、土耳其、英國、新加坡及中國等國家發表論文。此外，本研究所也積極與國際接軌，也有同學獲選世界公民導活動，前往不丹進行國際交流。

研究所畢業生適合從事的行業包含專業運動健康指導或運動健康事業的專業人員、運動傷害防護員、縣(市)政府健保人員，行政人員及大專講師或專任教師。