以輔導在職人員提昇運動健康的專業能力為主要發展目標，透過專業的運動科學理論教學為基礎，並搭配實務的演示，共同發展出兼備有理論基礎及實務能力之教學特色。

本系碩士班的教師橫跨運動生理、運動心理、運動傷害防護、運動營養及運動健康促進等多項領域，同時具備有優秀的學科教學能力，論文發表能力及術科實務經驗，是一群多元化、國際化且理論與實務兼備的優秀教師。

搭配運科中心可使用運動生化實驗室、運動生理實驗室、運動機能重建實驗室、運動生物力學實驗室及一間運動心理諮商研究室，具備有完善的運動科學研究設備及儀器，能從事各項的運動科學教學及研究。

本系研究所積極從事運動科學的相關研究，並每年輔導學生至國外，包含葡萄牙、土耳其、英國、新加坡及中國等國家發表論文。此外，本研究所也積極與國際接軌，也有同學獲選世界公民導活動，前往不丹進行國際交流。

配合在學生的工作特色，本研究所將融入學術研究的能力，強化在職學生對於運動健康科學的指導能力及工作能力，以往更高層級的運動健康科學產業邁進。